Foi criada por Dom Paulo de Tarso Campos, 2º Bispo Diocesano de Santos, em 16 de setembro de 1937.

Desmembrada das Paróquias de Santo Antônio do Embaré e São José Operário e Nossa Senhora do Terço, o Bispo deu o título à nova Paróquia de Nossa Senhora da Conceição Aparecida.

Dom Paulo de Tarso celebrou uma Missa no local onde se devia construir a Matriz (num pequeno galpão erguido para as celebrações das Missas) às 07h30 da manhã do mesmo dia e mês em que saiu o decreto da criação.

 A nova Paróquia teve como 1º pároco o Revdo. Pe. Luiz Teixeira de Araújo. Os trabalhos de construção começaram no dia 1 de outubro de 1937 com a marcação do prédio e o início dos alicerces. A planta da nova matriz e da residência paroquial foi feita e doada pela companhia Docas de Santos e executada pelo pedreiro Manuel Muniz.

No dia 1 de junho de 1938, às 20h30, a imagem de N. Sra. Aparecida, conduzida processionalmente da Paróquia de São José e Nossa Senhora do terço da Vila Macuco chegou na Paróquia e foi depositada num altarzinho de madeira, dentro da matriz. Imediatamente à chegada da imagem, o Monsenhor Gonzaga Rizzo, vigário geral da diocese, representando o Bispo Diocesano Dom Paulo de Tarso, inaugurou o novo templo.

A torre foi inaugurada em abril de 1952. O antigo barracão onde se celebravam as Missas, foi transformado em Salão Paroquial com o nome: “Salão Dom idílio”.  Pela necessidade de reparos, em 1956 a Missa e atividades religiosas foram transferidas para o Salão Dom Idílio. 

Devido ao estado precário da Igreja, em 1990, a comunidade decidiu pela sua demolição. Durante a desativação foram preservados o Cristo Redentor (encontra-se na Praça, em frente à Paróquia), a figura em relevo de N. Sra. Aparecida, Pia Batismal e o Sino. Em dezembro de 1991, a paróquia recebeu seu novo pároco: Padre Caetano Rizzi, acompanhando a construção do novo templo. Construíram o mezanino, proporcionando mais 130 lugares. Construíram a nova torre, com a contribuição do dízimo, ofertas e muitos eventos para que a obra fosse concluída. 

Durante os festejos dos 55 anos da Paróquia, em 1992, foi lançado a Campanha do tijolo. 35 mil era a quantidade necessária para o revestimento externo. 

Com a obra concluída, a dedicação do novo templo aconteceu no dia 10 de agosto de 1995, com a Missa presidida pelo Bispos Diocesano Dom Davi Picão, deixando à comunidade essa frase: “A Santidade do templo material deve ser a imagem do templo espiritual”. Foi feito também na parede do presbitério um quadro de 90m2 retratando uma passagem do Evangelho de João. Trabalho de baixo relevo em cimento policromado. Técnica também utilizada na entrada do sacrário e parede do mezanino que ilustra a Via Sacra. 

E com a presença do pároco Pe. Carlos de Miranda, deu-se início a construção da área de eventos. As obras tiveram início em julho de 2004 e em agosto já estavam em condições de receber eventos. A área foi inaugurada no dia 13 de dezembro de 2008.